После обновления PhpMyAdmin вылезла ошибка:

session_start(): open(/var/lib/php/session/sess_... Permission denied (13)

Проверяем права:

# ls -l /var/lib/php
итого 56
drwxrwx--- 2 root apache 40960 Окт 26 15:48 session
drwxrwx--- 2 root apache 6 Окт 26 15:48 wsdlcache

Меняем на правильного владельца и группу:

# chown -R nginx:www-data /var/lib/php/

Проверяем.