После починки файловой системы в логах появились ошибки clamav
Can't read CVD header in /var/db/clamav/daily.cld\nLibClamAV Error: cli_load.... .... /var/run/clamav/clamd.sock: No such file or directory ....
Первая означает что повреждена база
# cd /var/db/clamav/ daily.cvd main.cld mirrors.dat
Эти три файлика перемещаем
# mv {daily.cvd,main.cld,mirrors.dat} /tmp
и запускаем обновление
# freshclam
Вторая ошибка говорит, что нет сокет файла. Проверяем в файле /usr/local/etc/amavisd.conf имя сокета, если все правильно перезапускаем демон:
# /usr/local/etc/rc.d/./clamav-clamd restart