При обновлении через браузер вылезла ошибка:

ERROR owncloud - OC\RepairException: Upgrade is not possible

Это значит, что одно или несколько приложений (плагинов) оказались несовместимы с этой версией облака. Лечим.

# vipw 
nginx:x:997:995:Nginx web server:/var/lib/nginx:/sbin/nologin
меняем на
nginx:x:997:995:Nginx web server:/var/lib/nginx:/bin/bash

Отключаем:

# su nginx
$ cd /var/www/html/owncloud

Набираем:

./occ upgrade

Смотрим на какие app ругается и отключаем их:

./occ app:disable activity
./occ app:disable files_pdfviewer
./occ app:disable files_texteditor
./occ app:disable gallery
./occ app:disable templateeditor
./occ app:disable files_clipboard

Опять пробуем:

./occ upgrade

Все удачно обновилось, но при попытке зайти на страничку, облако вываливается в уже знакомую ошибку

Этот сервер ownCloud находится в режиме технического обслуживания, которое может 
занять некоторое время.

Быстренько лечим, проверяем и возвращаем shell nginx на место.

Логинимся. Входим в настройки – Предупреждение:

Предупреждения безопасности и установки
Некоторые файлы не прошли проверку целостности. Дополнительная информация о том, 
как устранить данную проблему доступна в нашей документации. (Список проблемных 
файлов… / Сканировать ещё раз…)

У меня на этот раз проблемный файл

/var/www/html/owncloud/apps/market/README.md

Убираю его в другое место, еще раз сканирую – все нормально. Дальше включаем рабочие плагины:

Идем Администрирование -- Приложения -- Показать выключенные приложения.

Несколько плагинов оказались несовместимы. Нужно просто подождать свежих версий:

Приложение не может быть установлено, следующие зависимости не удовлетворены:

• ownCloud 10.0 or lower is required.