Вариант 1.

1.  Загружаемся с LiveCD дистрибутива linux, содержащего в себе драйвер для работы с вашей файловой системой (например ext4) и собственно утилиту fsck.
2. Заходим в терминал LiveCD под именем суперпользователя. Например, в той-же Ubuntu нужно просто набрать в основной консоли sudo su. В Debian есть отдельный пункт меню для вызова root консоли. В Gentoo вам вообще ничего не придется делать – после загрузки вы уже под именем root.
3. Если вы не помните путь до поврежденной файловой системы (/dev/sdx), то смотрите на вывод команды fdisk -l и ориентируясь на размер или другие параметры, запоминаете путь до файловой системы (например /dev/sda1).
4. Теперь осталось запустить утилиту восстановления файловой системы командой fsck -fy /dev/sdx ,

где sdx – имя раздела (например sda1). Опция -f (force) используется для принудительной выполнении проверки. Опция -y (yes) позволяет программе автоматически отвечать “да” на все вопросы в ходе работы.
Также стоит запомнить опцию -t которая задаёт тип файловой системы.

Вот так-бы выглядел запуск проверки диска у меня на ноутбуке:

fsck -fy -t ext4 /dev/sda1

Тип файловой системы обычно определяется автоматически, что еще больше облегчает использование утилиты.
Также будьте аккуратны с разделами, если имеется несколько различных файловых систем, то проверку лучше делать для каждого раздела отдельно!

Вариант 2.

Перезагрузиться с помощью

# shutdown -Fr now

и принудительно запустить проверку

Вариант 3.

touch /forcefsck