Чтобы добавить файл в owncloud минуя веб интерфейс, необходимо
1) скопировать файл/каталог в папку <путь к owncloud>/data/<учетная запись>
2) установить владельца файла/каталога пользователя под которым запущен owncloud (например nginx):

chown nginx:www-data somefile.txt

3) установить права для файла/каталога:

chmod 775 somefile.txt

4) пересканировать файлы owncloud

sudo -u nginx php /var/www/html/owncloud/console.php files:scan --all