Возьмем для примера файл настроек squid.conf, очистим его, предварительно сделав копию

cp squid.conf squid.conf.orig

Выводим в файл squid.conf содержимое файла squid.conf.orig без комментариев

cat squid.conf.orig | egrep "^[^#]" > squid.conf

или

cat /usr/local/etc/squid/squid.conf | grep "^[^#]" > squid_new.conf