Так вышло что с тонких клиентов подключающихся к Windows 2008 нужно ходить на Windows 2003 сервер по RDP, вроде как простая задача, НО на деле тормозит просто ужасно.

Каким-то волшебным образом выясняется что тормозит только мышь (курсор, нажатия) и лечится это выполнением от администратора на Windows 2008 (или Windows 7) команды:

netsh interface tcp set global autotuninglevel=highlyrestricted

Она выключит систему оптимизации, что-то вроде QoS.