Upgrade установленных в системе программ из обновленных портов (для примера берем koffice)
Переходим в порт программы
$ cd /usr/ports/editors/koffice-kde3/
Выполняем сборку (при необходимости исходник будет выкачен из Инета)
$ make
Далее только после удачного завершения!
Удаляем текущую(старую) программу из системы
$ make deinstall
Устанавливаем новую
$ make reinstall
После удачной установки, очищаем все что было создано при сборке
$ make clean
Во время инсталляции может потребоваться какая нибудь, не установленная ранее программа, от которой зависит koffice – в этом случае она будет установлена автоматически, после чего установка koffice, так же, автоматически продолжится.
Но если во время сборки koffice, потребуется обновить уже установленную программу, то без вмешательства пользователя, это сделать не удастся, о чем и будет сообщено. В этом случае потребуется перейти в порт этой необходимой программы обновить сначала ее, после чего вернутся и продолжить обновление koffice.